L'Eglise primitive (vraisemblablement romane) fut partiellement détruite à la fin du XVIes. lors des guerres de religion.
Les vestiges, bien visibles du côté nord, laissent penser qu'elle avait les mêmes dimensions que l'église actuelle.
Elle était entourée d'un vaste cimetière. La population de Desaignes, au XVII ème siècle pouvait avoisiner les 4000 habitants.
La nouvelle église fut reconstruite en plusieurs étapes : La moitié (coté choeur) fut réalisée en premier et terminée vers 1636. Vingt ans plus tard, en 1656, on doubla l'édifice dans le sens de la longueur.
Cette date (1656) est gravée, à l'intérieur de l'église, sur une pierre sculptée de la voûte de la nef latérale droite.
Le clocher fût construit en 1657. Cette date portée sur une pierre du clocher signe en gros la fin de la reconstruction. Toutefois, le clocher fut surélevé d'environ 3 m en 1668.
Des travaux furent réalisés au XIXe siècle, notamment la réfection de la façade.
L'église a été restaurée récemment.
